Elève de Charles Koenig, Jacques Willemyns étudie le clavecin au Conservatoire Royal de Musique de Bruxelles, études couronnées par de nombreux premiers prix dont ceux de clavecin, d'orgue, de musique de chambre et d'harmonie pratique. Il va ensuite se perfectionner en clavecin auprès de Bob van Asperen au Koninklijk Conservatorium de Den Haag.
Après ses études, il est régulièrement amené à jouer en musique de chambre et c'est tout naturellement qu'il se spécialise dans la pratique de la basse continue. C'est à ce titre ou en tant que soliste que Jacques Willemyns donne depuis lors de nombreux concerts en Belgique et à l'étranger, et prête son concours à différents festivals (Festival de Flandre et de Wallonie, Festival de l'Été Mosan, Festival Estival de Paris, Festival d'Ambronnay, Festival de Sablé). Sa collaboration est également sollicitée par la Monnaie ou par différentes radios et télévisions.
Jacques Willemyns collabore avec plusieurs ensembles de musique baroque dont La Cetra d'Orfeo, Illico Presto, Les Agrémens, le Coeur Mondial, Le Concert bourgeois, Contrepoint... et a enregistré plusieurs disques (J.S. Bach, Telemann, Leclair, Boismortier, "Les musiciens du Nord", ...) chez Plein Jeu. Pavane, Ricercar et Eole.
Jacques Willemyns est également professeur de "Tempéraments et accord" et accompagnateur dans la section de musique ancienne au Conservatoire Royal de Musique de Bruxelles, et professeur d'orgue, de clavecin et de musique de chambre baroque à l'académie de Nivelles.